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Écologie de la santé et conservation

Responsables : Jocelyn Champagnon (voir son cv) et Marion Vittecoq (voir son cv)

Contexte: 

Cet axe de recherche a pour objectif la compréhension des interactions entre la biodiversité et les problèmes de santé publique et vétérinaire, dans le contexte des changements globaux.

Activités: 

Projet 2A : Résistances antibiotiques chez les espèces sauvages

L'objectif de ce projet est de mieux comprendre le rôle joué par les espèces sauvages dans la dynamique des bactéries résistantes aux antibiotiques.

Trois questions principales y sont abordées : i) quelles bactéries résistantes circulent actuellement chez les espèces sauvages en Camargue ? ii) ces bactéries sont-elles les mêmes que celles retrouvées chez l’Homme dans la région ? et iii) y-a-t-il des traits écologiques influençant le risque de transmettre ces bactéries à la faune sauvage ?

Nos résultats aideront à comprendre comment les bactéries antibiorésistantes entrent en contact avec les populations d’espèces sauvages, et à proposer des stratégies de contrôle permettant de limiter la contamination des écosystèmes naturels. Nous identifierons également les espèces pouvant faire office de réservoirs, d’éléments de dispersion ou être victimes des bactéries antibiorésistantes, ce qui pourrait être crucial pour élaborer des stratégies de surveillance et de contrôle efficaces.

Projet 2B : Dynamique de la Douve du foie en Camargue

Ce projet vise à comprendre la dynamique et le risque d'émergence de la Grande douve du foie (Fasciola hepatica), dans le contexte d’un réseau de zones humides fortement impactées par l’Homme.

Ce travail comporte deux axes :  i) l'étude de la diversité du parasite entre et au sein de ses différents compartiments d'accueil : hôtes intermédiaires (mollusques d'eau douce) versus hôtes définitifs (mammifères), sauvages et domestiques, ayant des capacités de dispersion contrastées ; et ii) l’étude de la façon dont cette diversité et ses dynamiques sont affectées par des facteurs humains : gestion de l'eau, contacts entre les espèces sauvages et domestiques, utilisation des pesticides et de traitements antiparasitaires. Le travail, effectué en Camargue, mènera à des recommandations pratiques de gestion.

Projet 2C : Évolution des zones humides et des communautés d’oiseaux d’eau en présence d’agents pathogènes émergents
 
Ce projet résulte d’une collaboration avec le département Observatoire des zones humides méditerranéennes (OZHM), et permet d’intégrer la composante « santé » dans l'étude de l'évolution des zones humides méditerranéennes menées par l'OZHM.

Comme première étape vers cet objectif, les cas d’émergence et les prévalences de différents agents pathogènes associés aux zones humides ont d’abord été étudiés de 1970 à aujourd’hui, selon les données disponibles sur la dégradation des zones humides et l’évolution de l’occupation des sols dans le bassin méditerranéen.

Cette collaboration permettra d'améliorer nos connaissances sur les liens entre l'état écologique des zones humides, et les bénéfices ou les risques pour la santé, un défi majeur à l’heure actuelle comme indiqué dans le récent rapport de Ramsar Healthy wetlands, healthy people (2012).

Projet 2D : Complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) et flamants roses

L’objectif général de ce projet est de mener, chez les flamants roses, la première étude en milieu naturel des interactions existant entre le génotype du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH), les communautés bactériennes gastro-intestinales, et la valeur sélective des oiseaux d’eau et leur capacités de dispersion.

Plus spécifiquement, le projet a quatre objectifs : i) tester l’effet de l’environnement local et de la dispersion à longue distance sur la diversité des communautés bactériennes gastro-intestinales et du CMH de classe II des populations de flamants se reproduisant dans le bassin méditerranéen et en Afrique de l’Ouest ; ii) identifier les liens existant entre le CMH et les traits associés à la valeur sélective des individus au sein de la population de flamants ; iii) comprendre les variations de fréquences alléliques et la sélection des gènes du CMH au cours du temps ; et iv) étudier les effets combinés de la variation du CMH et des charges parasitaires sur la dispersion à longue distance des jeunes et des individus reproducteurs chez les flamants roses nés en Camargue.