Le lundi 23 juin 2014 à 11h, Philippe Roumagnac (CIRAD Montpellier) présentera à la Tour du Valat (en grande salle) un séminaire intitulé : « Étude de la diversité des phytovirus et de leurs dynamiques spatio-temporelles dans deux agro-écosystèmes (le Fynbos sud-africain et la Camargue) à l’aide de la géo-métagénomique« . L’accès à ce séminaire est libre et sans inscription.
Résumé :
La biodiversité des virus reste encore globalement méconnue. Officiellement, environ 2300 espèces virales ont été à ce jour caractérisées et taxonomiquement classées. Ce chiffre est probablement très en deçà de la diversité réelle des virus, comme en témoignent les explorations récentes des écosystèmes terrestres et marins. Ce décompte est en outre probablement biaisé à deux niveaux : premièrement, la description des virus a exclusivement été réalisée à partir d’un nombre très restreint d’organismes, à savoir les humains et les espèces animales et végétales domestiquées par ces derniers ; par ailleurs, les virus n’ont été majoritairement caractérisés que suite à l’apparition de symptômes chez leurs hôtes. Ce bref constat initial relatif à notre connaissance du monde viral montre que des pans entiers de la biodiversité virale restent encore à explorer. En écologie végétale et en pathologie des plantes, ce manque de connaissances représente un écueil dans la compréhension du fonctionnement global des agro-écosystèmes, et dans la définition et la quantification des facteurs de risque d’émergence de nouvelles maladies virales des plantes.
En 2009, une nouvelle génération de travaux de métagénomique a émergé permettant non seulement d’analyser le génome global d’un écosystème mais aussi de relier directement les séquences des agents pathogènes à leur hôte et/ou à une position géographique. Cette innovation récente a permis d’imaginer de nouveaux dispositifs expérimentaux pouvant répondre à des questions associées à l’évolution et/ou à l’écologie des populations naturelles (ie. collectées in situ) d’agents pathogènes.
Seront présentés les résultats préliminaires obtenus récemment avec un focus sur la diversité des phytovirus associés à deux agroécosystèmes perturbés modèle (la région floristique du Cap en Afrique du Sud et la Camargue), ainsi que sur les dynamiques spatio-temporelles de certaines familles de ces phytovirus.