Antibiorésistances dans la faune sauvage

Objectifs du projet

Le projet vise à comprendre le rôle joué par les espèces sauvages dans la dynamique des bactéries antibiorésistantes. Trois questions principales sont abordées :

  • Quelles bactéries résistantes circulent chez la faune sauvage en Camargue ?
  • Ces bactéries sont-elles les mêmes que celles retrouvées chez l’Homme ?
  • Y-a-t-il des espèces ou des milieux particulièrement favorables au maintien et à la dissémination de ces bactéries ?
Un mulot sylvestre capturé en Camargue © S.Baudouin

Méthodologies appliquées

Notre travail repose sur la synthèse bibliographique et les prélèvements de bactéries effectués sur les rongeurs et les goélands en Camargue. Pour effectuer les prélèvements, nous capturons les individus et collectons des échantillons fécaux à partir desquels nous cultivons les bactéries sur des milieux contenant ou non des antibiotiques. Les bactéries sont ensuite identifiées et un antibiogramme est réalisé, pour savoir plus précisément à quels antibiotiques elles sont résistantes. Puis l’analyse génétique des souches est menée pour déterminer :

  • si elles sont proches de souches humaines ;
  • quels sont les mécanismes de résistance en jeu ;
  • quel est le support génétique de ces mécanismes.

Résultats

La connaissance des antibiorésistances présentes au sein de la faune sauvage est encore limitée. Les données bibliographiques montrent qu’il existe un gradient de fréquence et de diversité des bactéries antibiorésistantes des zones les plus impactées par les activités humaines, qui sont les plus touchées, aux zones les plus préservées. Les espèces qui portent le plus fréquemment ces bactéries sont les prédateurs et les espèces anthropophiles.

Nous avons observé des bactéries résistantes aux dernières générations d’antibiotiques (carbapénèmes) chez les goélands leucophées (Larus michahellis), proches des activités humaines, mais pas chez les goélands railleurs (Chroicocephalus genei), qui se nourrissent au large. Nous continuons actuellement nos recherches sur le groupe des rongeurs pour comprendre la répartition spatiale des antibiorésistances en Camargue.

Équipe

  • Responsable du projet : Marion Vittecoq
  • Membres impliqués : Thomas Blanchon, Jocelyn Champagnon, Olivier Boutron
  • Date du projet : depuis 2012

Partenaires

Partenaires techniques

Partenaires financiers

Publications & réalisations

  • Vittecoq M., Laurens C., Brazier L., Durand P., Elguero E., Arnal A., Thomas F., Aberkane S., Renaud N., Prugnolle F., Solassol J., Jean-Pierre H., Godreuil S.,  Renaud F. 2017. VIM-1 carbapenemase-producing Escherichia coli in gulls from southern France. Ecology and Evolution. doi: 10.1002/ece3.2707
  • Vittecoq M., Andremont A., Armand-Lefèvre L., Bollache L., Gandon S., Hartmann A., Perino L., Renaud F., Roche B. Quand la résistance s’organise face aux antibiotiques. In Écologie de la santé : pour une nouvelle lecture de nos maux.  Blanc S., Boëtsch G., Hossaert-McKey M., Renaud F. Editions le Cherche Midi Paris, 192 p.201
  • Aberkane S., Compain F., Decré D., Pantel A., Vittecoq M., Solassol J., Bouzinbi N., Jean-Pierre H., Godreuil S. 2017. Persistence of blaCMY-2-producing Proteus mirabilis in two gull colonies at a 1-year interval in Southern France. Journal of Global Antimicrobial Resistance 9:138–140.
  • Vittecoq M., Godreuil S., Prugnolle F., Durand P., Brazier L., Renaud N., Arnal A., Aberkane S., Jean-Pierre H., Gauthier-Clerc M., Thomas F., Renaud F. 2016. Review: Antimicrobial resistance in wildlife. Journal of Applied Ecology  53: 519-529.
  • Aberkane S., Compain F., Decré D., Dupont C., Laurens C., Vittecoq M., Pantel A., Solassol J., Carrière C., Renaud F., Brieu N., Lavigne J.-P., Bouzinbi N., Ouédraogo A.-S., Jean-Pierre H., Godreuil S. 2015. High prevalence of SXT/R391-related integrative and conjugative elements carrying blaCMY-2 in Proteus mirabilis from gull isolates in the South of France. Antimicrobial Agents & Chemotherapy 60: 1148-1152. doi: 10.1128/AAC.01654-15.
  • Aberkane S., Compain F., Barraud O., Ouedraogo A.-S., Bouzinbi N., Vittecoq M., Jean-Pierre H., Decré D. & Godreuil S. 2015. A non-O1/non-O139 Vibrio cholerae avian isolate co-carrying the blaVIM-1 and blaVIM-4 genes, France. Antimicrobial Agents and Chemotherapy 59: 6594–6596.