Depuis sa création par Luc Hoffmann en 1954, la Tour du Valat travaille à la conservation des zones humides méditerranéennes, réservoirs majeurs de biodiversité et de services écosystémiques essentiels à l’humanité et à tout le vivant. Reconnue d’utilité publique, cette fondation pionnière allie recherche scientifique et gestion intégrée. Son action se déploie en Camargue sur son propre domaine, dont plus de 2000 hectares sont classés en Réserve naturelle régionale, ainsi que dans tout le bassin méditerranéen.
Les activités de la Tour du Valat s’articulent autour de cinq thèmes principaux : la conservation des espèces, l’écologie de la santé, la gestion et restauration des écosystèmes naturels et agricoles, l’étude des dynamiques des zones humides et la gestion de l’eau, ainsi que le renforcement des interfaces entre sciences et société. Son approche collaborative mobilise une vaste communauté d’acteurs – scientifiques, gestionnaires, décideurs et citoyens – et vise à catalyser une dynamique internationale en faveur de la coexistence harmonieuse entre la nature et les activités humaines.
Pour plus d’informations : http://www.tourduvalat.org
Le CIRAD recrute un·e stagiaire pour un stage de « Recensement et évaluation de l’utilisabilité et de la pertinence des différentes bases de données naturalistes et scientifiques pour le calibrage et l’alimentation de modèles de surveillance épidémiologique de l’influenza aviaire chez la faune sauvage en France. » Ce stage est co-encadré par la Tour du Valat.
Contexte
Depuis 2020, une recrudescence des infections d’oiseaux sauvage par des virus influenza aviaire hautement pathogène a été observée, ainsi qu’une multiplication de cas chez diverses espèces de mammifères, aquatiques et terrestres, exacerbant les préoccupations concernant la transmission interespèces et les effets sur la biodiversité.
En France, les virus responsables de l’IAHP persistent désormais tout au long de l’année, se propageant dans une gamme diversifiée d’hôtes réservoirs, ce qui complique les efforts de prévention dans les élevages de volailles et nécessite une révision des stratégies de gestion sanitaire, telles que la vaccination et la régulation des échanges commerciaux.
Dans ce contexte, l’équipe de Veille Sanitaire Internationale de l’UMR ASTRE, l’Office Français de la Biodiversité (OFB) et la Tour du Valat collaborent pour mettre au point un outil dynamique d’aide à la surveillance et à la gestion épidémiologiques de l’IAHP chez la faune sauvage en France. Leurs recherches visent à mieux comprendre les dynamiques épidémiologiques du virus, notamment en explorant les zones à risque et en suivant les variations d’incidence en temps quasi-réel, pour soutenir les décisions relatives à la surveillance et à la gestion de la maladie.
Ce stage s’inscrit dans les travaux d’une thèse de doctorat axée sur l’analyse de la dynamique spatio-temporelle des communautés d’hôtes de l’IAHP en France, notamment les groupes sensibles comme les Laridés, les Sulidés, et divers mammifères. Il s’appuie sur des données d’observations citoyennes et des bases de données de suivis scientifiques pour explorer les variations écologiques, saisonnières, et comportementales de ces communautés, afin de renforcer les dispositifs de surveillance et d’atténuer les risques liés à la maladie.
L’objectif principal du stage sera de contribuer à recenser les données disponibles et à la compréhension des biais dans les données naturalistes citoyennes et suivis scientifiques et de les évaluer pour l’utilisation dans la surveillance sanitaire de la faune sauvage.
Programme et missions
Le programme suivant sera proposé au/à la stagiaire :
Mois 1 – 2 : Etude bibliographique et échange avec différents partenaires afin de recenser et décrire les données naturalistes citoyennes et scientifiques disponibles, et d’en comprendre leur biais et leur utilisabilité pour le projet.
Mois 2 – 3 : Exploration comparative des bases de données, développement d’une grille d’évaluation et évaluation conséquente de ces bases de données dans le contexte d’une utilisation à des fins de surveillance épidémiologique au sein des populations sauvages en France.
Mois 4 – 5 : Exploration de méthodes d’évaluation de non-absence ou d’estimation d’abondance en utilisant les bases de données identifiées comme pertinentes.
Mois 6 : Rédaction du rapport de stage et préparation de la soutenance.*
*Le rapport de stage devra être rédigé tout au long du stage
Profil recherché et remarques
- Le/la stagiaire sera amené(e) à utiliser des outils d’analyse descriptive et de visualisation de données ainsi qu’un langage de programmation (R et RStudio). Une bonne connaissance de ces outils et des logiciels d’analyse SIG (type QGIS) sera appréciée. Nous encourageons les candidat(e)s à joindre à leur candidature des exemples de productions de programmation ou d’analyses statistiques auxquelles ils/elles ont contribué.
- Le/la stagiaire pourra être mis(e) en contact avec des membres de la communauté scientifique et des gestionnaires de l’environnement pour enrichir sa réflexion.
- Une appétence pour l’écologie de la santé sera fortement appréciée.
- Les travaux menés au sein de l’UMR s’efforcent d’adopter une approche Open Science, et nous proposons au/à la stagiaire de l’initier aux principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) pour l’utilisation de ses données.
- Les productions du/de la stagiaire pourront être valorisées lors de rencontres scientifiques par des présentations orales ou des supports visuels.
Aspects pratiques
- Lieu de travail : Le/la stagiaire sera accueilli/e au sein de l’UMR ASTRE au sein du campus du CIRAD situé au Baillarguet (Chemin du Baillarguet, 34980 Montferrier-sur-Lez), avec de possibles déplacements à la Tour du Valat ou à l’OFB Orléans, ainsi qu’éventuellement à la rencontre de partenaires gestionnaires de bases de données identifiées.
- Date de prise de fonctions et durée : Du 1er février au 31 juillet 2025 (6 mois, avec des dates de début et de fin flexibles entre le 13 janvier et le 1er aout 2025).
- Structure d’accueil et Nom du signataire de la Convention de stage :
UMR ASTRE au sein du campus du CIRAD situé au Baillarguet – Delphine Luquet, Direction BIOS - Maître(s) de stage: Gauthier Vercher, doctorant, INRAE, UMR ASTRE
- Co-encadrement : Carlène Trevennec, veille sanitaire internationale, INRAE, UMR ASTRE, France ; Loïc Palumbo (OFB) ; Marion Vittecoq (Tour du Valat) ; David Pleydell (INRAE)
- Indemnités de stage : Oui
Comment postuler
Candidatures et demandes de renseignements sont à adresser à Gauthier Vercher à l’adresse [email protected]