Plusieurs doctorant(e)s, co-encadré(e)s par la Tour du Valat ces dernières années et qui y ont mené une partie de leurs travaux sur le terrain, ont soutenu avec succès leur thèse en fin d’année 2018.
Émeline Sabourin, tout d’abord, a soutenu sa thèse le 28 novembre 2018 à Montpellier sur la « Dynamique de la fasciolose dans un environnement fortement anthropisé : la Camargue » (voir le résumé [1]). Sa thèse, en partenariat avec l’unité MIVEGEC [2] (CNRS / IRD / Université de Montpellier), s’est inscrite dans le cadre du programme de recherches de la Tour du Valat sur l’écologie de la santé, et plus précisément sur la dynamique de la fasciolose en Camargue [3]. Ses recherches permettront notamment d’améliorer la gestion sanitaire de l’élevage bovin sur ce territoire, où l’appellation « Taureau de Camargue » représente de forts enjeux économiques.
Élie Gaget, co-encadré par la Tour du Valat et le Centre d’Écologie et des Sciences de la Conservation (CESCO) du Muséum national d’histoire naturelle, a quant à lui soutenu sa thèse le 10 décembre 2018 à Paris sur le sujet de l’« Importance des politiques de conservation pour faciliter l’ajustement des communautés d’oiseaux d’eau hivernants au réchauffement climatique en Méditerranée » (voir le résumé [4]). Il a mené ses travaux à la Tour du Valat au sein de l’équipe de l’Observatoire des zones humides méditerranéennes en collaboration avec Wetlands International, dans le cadre des recherches sur l’impact des pressions humaines sur les oiseaux d’eau hivernants [5]. Vous pouvez également visionner ci-dessous un film sur ses recherches.
Cannelle Moinardeau, co-encadrée par la Tour du Valat et l’Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Écologie marine et continentale (IMBE) a soutenu à Avignon le 12 décembre 2018 sur le sujet « L’écopastoralisme, un outil adapté pour la gestion conservatrice des écosystèmes très anthopisés ? » (voir le résumé [6]), dans le cadre des recherches et projets de la Tour du Valat sur la restauration écologique [7]. Elle a mené ses recherches sur la réserve de chasse et de faune sauvage de Donzère-Mondragon, entre Drôme et Vaucluse. Vous pouvez voir ci-dessous un film présentant l’enjeu de ses recherches.
Ana Paula Garcia Neto, co-encadrée par la Tour du Valat et l’Université Aix-Marseille, a présenté sa soutenance de thèse le 14 décembre à Aix-en-Provence. Son sujet était « Les services écosystémiques dans le bassin méditerranéen » (voir le résumé [8]) s’est déroulé dans le cadre du projet de recherche européen OPERAs [9], sur lequel elle a travaillé à la Tour du Valat au sein de l’Observatoire des Zones Humides Méditerranéennes (en savoir plus [10]).
Enfin Benjamin Folliot, co-encadré par la Tour du Valat et l’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage (ONCFS), a soutenu sa thèse le 17 décembre 2018 à Montpellier. L’intitulé de son sujet était « Dynamique des espèces exploitées : le cas du Fuligule milouin (Aythia ferina) dans le Paléarctique » (voir le résumé [11]). Ses travaux s’inscrivent dans le long historique des recherches et projets menés par la Tour du Valat depuis sa création en 1954 concernant les anatidés en Camargue (en savoir plus [12]).
Félicitations et bonne continuation à tous les cinq !
Vous trouverez ci-dessous les résumés des thèses concernées, et les contacts des post-doctorant(e)s.
Résumé de la thèse d’Émeline Sabourin
Dynamique de la fasciolose dans un environnement fortement anthropisé : la Camargue
L’émergence et la ré-émergence de maladies que nous connaissons depuis ces cents dernières années représentent une véritable crise sanitaire en grande partie due aux perturbations anthropiques qui modifient les écosystèmes et les interactions entre les parasites et leurs hôtes. La prévention et le contrôle des maladies infectieuses nécessitent la compréhension de leur dynamique dans l’ensemble des compartiments dans lesquels elles circulent. Parmi ces maladies, la fasciolose est une maladie particulièrement sensible aux changements liés à l’Homme. Cette zoonose causée par le parasite Fasciola hepatica, est communément reconnue comme un problème vétérinaire, mais aussi de santé publique, dans certaines régions du monde. Notre étude vise à comprendre la dynamique de circulation et les risques d’émergence de la fasciolose dans un contexte de forte anthropisation. Il s’agit (1) d’étudier la dynamique de l’hôte intermédiaire, un mollusque de la famille des lymnaieidae. (2) de comprendre la dynamique et la diversité du parasite entre et au sein de ses différents compartiments hôtes définitifs. Ces travaux ont été menés sur le territoire camarguais sur le domaine de la Tour du Valat, nous permettant d’avoir accès aux hôtes définitifs, sauvages (ragondins et sangliers), domestiques (taureaux traités et non traités) et à l’hôte intermédiaire, Galba truncatula appelé communément limnée tronquée. Dans un premier temps, nous avons caractérisé la végétation des habitats favorables à la présence du mollusque et nous avons trouvé que les mares semblaient être des zones présentant un risque plus important que les canaux d’irrigation pour la transmission de la fasciolose. Puis, nous nous sommes intéressée à l’influence des habitats sur la dynamique de G. truncatula par des approches de génétique des populations. Nos résultats ont permis de montrer que la permanence des habitats et la connectivité influencent le mode de reproduction, la structuration des populations et la dispersion des limnées en Camargue. Dans un second temps, nous avons étudié la dynamique et la circulation du parasite au sein du compartiment hôte définitif. Nos résultats de la génétique des populations du parasite chez les hôtes définitifs, nous ont indiqué qu’il existait sur notre site d’étude plusieurs sites de transmission constituant un seul grand foyer global. Par ailleurs, l’étude de la circulation du parasite entre les hôtes définitifs suggère le rôle des sangliers dans la dispersion de la maladie et le rôle des ragondins dans le maintien du cycle de la fasciolose. Cette étude met en évidence l’intérêt de mener des études à long terme et l’importance de prendre en compte tous les compartiments impliqués pour comprendre l’épidémiologie d’une maladie. Elle souligne également le rôle des activités humaines et de l’écosystème dans la dynamique de la fasciolose. Le but final de cette étude est de proposer une gestion intégrée adaptée au contexte camarguais afin de limiter l’impact sanitaire de la fasciolose mais aussi des autres maladies liées à l’élevage dans cette région.
Contact : emeline.sabourin(at)gmail.com
Résumé de la thèse d’Élie Gaget
Importance des politiques de conservation pour faciliter l’ajustement des communautés d’oiseaux d’eau hivernants au réchauffement climatique en Méditerranée
Les activités humaines menacent gravement la biodiversité. Sous le terme de changements globaux, la sur-exploitation des populations et la destruction/dégradation des habitats arrivent en tête de liste des facteurs responsables de l’érosion de la biodiversité. Dans cette thèse j’ai cherché à comprendre comment l’accumulation des pressions anthropiques peut limiter l’ajustement des communautés au réchauffement climatique et à identifier les solutions qui pourraient être mises en place pour faciliter leur adaptation à ce réchauffement. J’ai pris pour modèle d’étude les espèces d’oiseaux d’eau hivernants dans les pays du bassin méditerranéen. En étudiant la réponse des communautés au réchauffement climatique sous un gradient de perte/dégradation d’habitat, je montre que l’ajustement des communautés est réduit, voire empêché, par la dégradation des zones humides. La Convention Ramsar vise justement à protéger les zones humides et leur biodiversité en maintenant une exploitation raisonnée des ressources naturelles. En évaluant l’effet de cette convention, je montre que son efficacité à conserver les populations d’oiseaux est dépendante de l’implémentation d’autres outils de protection, mais que son rôle est crucial dans les pays où la législation environnementale est faible. Enfin, j’évalue la capacité des conventions internationales à faciliter l’ajustement des communautés au réchauffement climatique grâce à la réduction des pressions qui s’exercent sur les populations. J’ai comparé la réponse des communautés entre les pays ayant ratifié la Convention de Berne, ceux ayant engagé son application strictement règlementaire sous la Directive Oiseaux (Union Européenne) et ceux n’ayant pas ratifié ces conventions. Le résultat est clair, plus la règlementation est précise et strictement règlementaire, plus les communautés et les espèces strictement protégées s’ajustent à l’augmentation des températures. En conclusion, les activités humaines sont une menace pour la biodiversité, mais les mesures de conservation, en réduisant les pressions sur les populations facilitent leur adaptation au changement climatique. La conservation des oiseaux d’eau nécessite une collaboration internationale et l’établissement de lois strictement règlementaires protégeant les zones humides et les espèces, tout en assurant une utilisation durable des ressources.
Contact : elie.gaget(at)gmail.com
Résumé de la thèse de Cannelle Moinardeau
L’écopastoralisme, un outil adapté pour la gestion conservatrice des écosystèmes très anthopisés ? Le cas des digues artificielles du canal de dérivation de Donzère-Mondragon dans la vallée du Rhône.
L’objectif principal de cette thèse était de caractériser les impacts de différents types de gestion pastorale (bovins, équins, caprins) sur les communautés végétales de « nouveaux écosystèmes » fortement anthropisés que sont les digues et remblais de la réserve de Donzère-Mondragon dans la basse vallée du Rhône. Différents outils ont été utilisés (relevés de végétation, analyses de sols, analyses minérales des herbages, télédétection, etc.) à des échelles spatiales différentes afin de dégager les interrelations entre les différents niveaux d’organisation et fonctionnalités de la végétation. En effet, l’émergence des « nouveaux écosystèmes » oblige les gestionnaires à reconsidérer les principes initiaux de la gestion conservatoire. Dans notre étude, il a pu être démontré que les systèmes de pâturage faisant appel à des troupeaux d’herbivores dont l’organisation est adaptée pour maintenir l’ouverture des milieux, augmentent la richesse spécifique, la diversité et l’hétérogénéité de la végétation à court terme (3-5 années) par rapport à l’absence de gestion ou aux interventions mécaniques. Les analyses montrent également que les espèces annuelles qui apparaissent sont appétentes et contribuent à augmenter la valeur fourragère de certains faciès du site pâturé par les chevaux. Ces herbivores ont également un impact sur la banque de graines permanente du sol en augmentant son hétérogénéité et la densité de graines viables sous les faciès les plus pâturés. Le pâturage des vaches et des chevaux confirme une corrélation entre l’indice de végétation (NDVI) obtenu après l’analyse de photographies aériennes, la biomasse et la richesse en espèces végétales. Les estimations d’indices de consommation de la ronce sous SIG ont permis d’apprécier l’efficacité de l’action des chèvres. Ces différents résultats, pour les modalités testées, correspondent bien à ceux déjà obtenus lors d’applications de systèmes pastoraux en milieux naturels. La gestion pastorale devrait néanmoins être pensée sur le moyen terme, si possible via des contrats pluriannuels, favorisant la durabilité de cette méthode de gestion et de ses effets dans le temps.
Contact : cannelle.moinardeau(at)gmail.com
Résumé de la thèse d’Ana Paula Garcia Neto
Les services écosystémiques dans le bassin méditerranéen
Le changement global, à travers l’impact des activités humaines sur les processus qui régulent le fonctionnement du système terrestre, pose des défis importants pour la société. L’accélération de multiples types de pressions humaines a eu des répercussions sur les systèmes socio-écologiques méditerranéens, notamment la réduction des contributions de la nature au bien-être humain, appelées services écosystémiques (SE). Un enjeu davenir est de comprendre comment les pressions sur les systèmes socio-écologiques, notamment l’urbanisation, les pratiques de gestion des terres et les politiques de conservation de la nature, affectent lapprovisionnement des SE dans le Bassin Méditerranéen et comment les vulnérabilités associées peuvent être réduites. L’approvisionnement durable en SE est une condition essentielle à la réalisation des Objectifs de Développement Durable (ODD), mais les connaissances sur la meilleure manière d’y parvenir sont rares dans le Bassin Méditerranéen, et accentués par le fait que les efforts de recherche sont plus limités dans les pays dAfrique du Nord. L’objectif principal de cette thèse est d’analyser comment les flux de SE du bassin méditerranéen et les compromis entre eux sont affectés par les facteurs de changement. À cette fin, une évaluation multidisciplinaire – des facteurs biophysiques aux facteurs socioculturels, couvrant de multiples échelles spatiales allant du bassin local au bassin méditerranéen a été utilisée pour analyser les changements dans loffre et la demande de SE. Les résultats sont présentés dans trois études indépendantes (c.f. chap 2): (2.1) j’évalue les tendances de l’offre de capacité de la couverture terrestre et des SE dans les zones périurbaines en raison de l’urbanisation à l’aide des données spatiales en libre accès; (2.2) je présente une revue de la littérature pour identifier l’impact des pratiques de gestion conservatrices sur les SE; (2.3) j’examine l’impact du rôle des acteurs dans les décisions de gestion environnementale sur leur perception des modèles de SE en utilisant des ateliers de cartographie collaborative. Dans les zones périurbaines autour de 12 villes Méditerranéennes, j’ai constaté une diminution générale de la capacité globale à fournir des SE en raison des modifications de la couverture terrestre (1990 – 2016) (c.f. 2.1). Dans les zones périurbaines européennes, l’expansion de la surface urbaine s’est faite au détriment des terres agricoles, tandis qu’en Afrique du Nord ont connu une augmentation des terres agricoles irriguées. Au chapitre 2.2, une sélection d’options de gestion alternatives (lagriculture de conservation) a eu un impact positif sur l’offre de SE de régulation dans les agro-écosystèmes méditerranéens. En revanche, le rendement des cultures a été augmenté en utilisant des options de gestion telles que le paillage parmi dautres. Le chapitre 2.3 a montré que léchelle spatiale dinfluence des acteurs sur la gestion des écosystèmes, affecte leurs perceptions des contributions des éléments paysagers (e.g. des zones protégées) à l’approvisionnement de SE. Les impacts de l’urbanisation et des systèmes de gestion agricole couramment appliqués ce sont révélés négatifs sur l’offre de SE, ce qui pourrait entraver les progrès dans le cadre des ODD. Une meilleure gestion des systèmes dutilisation des terres le long du gradient rural-urbain et lengagement des acteurs pourraient donc contribuer à assurer les progrès des ODD. Les méthodes et les données choisies affectent les tendances des SE, les synergies et les compromis identifiés. Je conclus sur la nécessité d’appliquer une évaluation intégrée des SE pour fournir une estimation des tendances et l’existence de connaissances partagées au sein des groupes des acteurs fournissant le lien indispensable entre théorie et pratique. Cette thèse montre que l’inclusion de différentes dimensions des systèmes socio-écologiques contribue à la compréhension des flux de SE et de leurs changements.
Contact : ana.garcia(at)imbe.fr
Résumé de la thèse de Benjamin Folliot
Dynamique des espèces exploitées : le cas du Fuligule milouin (Aythia ferina) dans le Paléarctique
Le fuligule milouin (Aythya ferina) est une espèce de canard plongeur répandue dans l’ensemble du Paléarctique. Montrant des signes de déclin de ses effectifs nicheurs en Europe depuis les années 2000, son statut de conservation IUCN a été réévalué de « Préoccupation Mineure » à « Vulnérable ». Étant une espèce chassée, la question du maintien de ces prélèvements cynégétiques est légitime. L’objectif de ce travail de thèse est donc de comprendre son fonctionnement démographique et les mécanismes sous-jacents à sa dynamique de population, pour proposer des mesures de gestion et de conservation. Pour cela, nous nous sommes attachés à estimer la tendance de ce déclin sur sa voie de migration nord-ouest européenne à partir des données de recensements de la mi-janvier. Puis, nous avons étudié la connectivité migratoire de cette voie de migration avec les autres voies présupposées, afin de mieux comprendre l’origine de ce déclin. Enfin, nous avons estimé deux paramètres démographiques clés, la survie et le succès de nidification, pour les intégrer dans un cadre matriciel permettant d’estimer un taux de croissance asymptotique et comprendre quels sont les paramètres démographiques clés sur lesquels doivent reposer les actions de gestion. Il ressort de ce travail de thèse que le déclin du fuligule milouin est probablement dû surtout à une diminution de sa productivité en Europe de l’Est et en Russie. Le contrôle et la gestion de la productivité par l’Homme étant limités, uniquement des travaux de gestion autour des habitats liés à la nidification sont envisageables. Ces travaux pourraient être facilement menés en Europe mais beaucoup plus difficilement en Sibérie, principale aire de reproduction des milouins caractérisée par une vaste superficie et un fort isolement. Les taux de survie des oiseaux bagués en France sont plus faibles que pour les oiseaux bagués dans d’autres pays, potentiellement du fait d’une pression de chasse plus élevée. Amener le taux de survie en France au même niveau que dans les pays voisins (Suisse et Grande-Bretagne), par une modification de la réglementation sur la chasse, serait de nature à ramener le taux de croissance à l’équilibre. La mise en place de la gestion adaptative pourrait faciliter les objectifs de conservation fixés en adaptant annuellement ces prélèvements aux effectifs présents et aux connaissances dont on dispose.
Contact : benjamin.folliot(at)gmail.com